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Doctorant·e en Bioinformatique - Projet de Thèse Cifre H/F Firalis

Nice - 06
CDD
Résumé de l'offre
  • 23 500 - 26 500 € / an
  • 🕑 36 mois
  • Bac +5
  • Service public des collectivités territoriales
  • Exp. 1 à 7 ans

Les missions du poste

Type de contrat : CDD 36 mois (contrat CIFRE - Doctorat)
Lieu : Nice (Université Côte d'Azur) & Huningue (Firalis SA, Haut-Rhin)
Date de début : Dès que possible
Rémunération : Selon grille CIFRE + avantages éventuels liés à l'entreprise partenaire
Niveau d'études requis : Bac +5 (Master 2 en Bioinformatique ou équivalent)

Contexte
Ce projet de thèse s'inscrit dans une collaboration entre une unité Inserm de recherche académique de renommée et l'entreprise Firalis SA, spécialisée dans les biomarqueurs en santé humaine. Il porte sur l'étude de la rechute des leucémies aiguës lymphoblastiques (LAL) de type T chez l'enfant, en utilisant des approches de transcriptomique à cellule unique (scRNAseq) et multi-omiques.

Le ou la doctorant.e recruté.e bénéficiera d'un double encadrement académique et industriel, dans le cadre d'un financement CIFRE, avec un fort potentiel de valorisation scientifique et translationnelle.

Missions principales
- Développement et conduite d'un projet de recherche original portant sur l'analyse bioinformatique des mécanismes moléculaires de rechute dans les LAL-T pédiatriques.
- Analyse de données de transcriptomique à cellule unique (scRNAseq) issues de prélèvements patients (diagnostic/rechute) et de bases publiques.
- Détection de gènes différentiellement exprimés et de biomarqueurs de rechute.
- Développement d'outils bioinformatiques interactifs (e.g. applications R Shiny).
- Collaboration avec Firalis pour le développement d'approches multi-omiques intégrées (transcriptome, protéome, etc.).
- Présentation des résultats en réunions de laboratoire, congrès, et rédaction d'articles scientifiques.

Missions secondaires
- Participation à la formation interne des membres de l'équipe aux outils bioinformatiques de base.
- Interaction régulière avec les équipes de Firalis et les plateformes bioinformatiques de l'Université Côte d'Azur.
- Contribution à la valorisation économique et scientifique du projet.

Profil recherché
Compétences techniques :
- Excellente maîtrise de l'analyse bioinformatique de données transcriptomiques (idéalement scRNAseq).
- Très bonne connaissance de R et Python.
- Pratique de Linux, Git, et Docker.
- Connaissance des outils de visualisation interactive (Shiny, ggplot2, etc.).
- Maîtrise de l'anglais scientifique (écrit/parlé).

Savoir-être :
- Rigueur scientifique et sens de l'organisation.
- Autonomie, esprit d'initiative.
- Bon relationnel et capacité à travailler en équipe pluridisciplinaire.
- Goût pour la recherche appliquée et l'innovation.

Formation attendue
- Diplôme de Master 2 en Bioinformatique, Biologie Computationnelle ou Statistiques appliquées à la biologie.

- Une première expérience de recherche (stage ou CDD) dans un projet bioinformatique est un plus.

Environnement et encadrement
Le ou la doctorant.e intégrera l'équipe 4 du C3M à Nice (dirigée par le Dr Jean-François Peyron) et sera co-encadré.e par l'équipe R&D de Firalis SA à Huningue. Ce projet s'inscrit dans une dynamique forte de recherche translationnelle, soutenue par le Cancéropôle PACA.

Contraintes particulières
- Travail prolongé sur poste informatique
- Déplacements ponctuels à prévoir entre Nice et Huningue.

Candidature
Envoyer un CV, une lettre de motivation, et 2 à 3 références à :

****@****.**
ou via la plateforme France Travail

Le profil recherché

Experience : 1 An(s)

Compétences : Concevoir et gérer un projet, Définir la stratégie financière d'une structure, Déterminer des axes d'évolution technologiques, Élaborer des propositions techniques, Identifier les contraintes d'un projet

Langues : Anglais exigé, Français exigé

Qualification : Technicien

Secteur d'activité : Recherche-développement en biotechnologie

Liste des qualités professionnelles :
Faire preuve de créativité, d'inventivité : Capacité à créer, imaginer quelque chose de nouveau (nouveau produit, nouvelle solution...).
Faire preuve de rigueur et de précision : Capacité à réaliser des tâches en suivant avec exactitude les règles, les procédures, les instructions qui ont été fournies, sans réaliser d'erreur et à transmettre clairement des informations. Se montrer ponctuel et respectueux des règles de savoir-vivre usuelles.
Travailler en équipe : Capacité à travailler et à se coordonner avec les autres au sein de l'entreprise pour réaliser les objectifs fixés.

Bienvenue chez Firalis

Firalis S.A. est une entreprise des sciences de la vie qui développe de nouvelles valeurs par la découverte de biomarqueurs, le développement et la qualification réglementaire d'outils de diagnostic basés sur des biomarqueurs. La société est située à Huningue/France, au c?ur de la BioValley, à la triple frontière de la France, de l'Allemagne et de la Suisse.

Doctorant·e en Bioinformatique - Projet de Thèse Cifre H/F
Firalis
  • Nice - 06
  • CDD
Publiée le 15/04/2025 - Réf : 191DXKB

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