Ingénieur en Bioinformatique du Cnr Ist Bactériennes H/F Fédération Hospitalière de France

Détail du poste

Descriptif Descriptif du poste :

Principales activités
Assurer l'analyse des génomes bactériens séquencés (nettoyage et filtration, assemblage, annotation, identification de variant).
Assurer l'analyse des amplicons séquencés (nettoyage et filtration, assemblage, identification de variant).
Mise en application de ces analyses pour :
L'identification des marqueurs de résistance aux antibiotique set de virulence ;
Etude phylogénétique et identifications des clusters ;
L'attribution de variables.
Mise en uvre de travaux de développement dans son domaine d'activité (NGS et bio-informatique).
Formation du corps médical et technique à l'utilisation des outils bioinformatiques installés et/ou développés.
Prise d'information et de conseils auprès des personnels / utilisateurs / usagers, relatifs aux projets et au domaine d'activité.
Traitement de l'information biologique : extraction, regroupement, représentation.
Analyser, traduire et formuler un besoin utilisateur en solutions et en programmes bioinformatiques.
Identifier, analyser, prioriser et synthétiser les informations relevant de son domaine d'activité.
Formalisation et publication d'information en interne / externe.
Recensement et analyse des besoins des utilisateurs, spécifique à son domaine d'activité.
Utilisation et traçabilité des outils, logiciels et systèmes relevant de son domaine d'activité.
Veille spécifique à son domaine d'activité.
Travailler en équipe / en réseau.
Missions ponctuelles/Particularités
Participer aux réunions bi-mensuelles du CNR IST.
Vérification, mise en route, pilotage et surveillance des équipements, mise à l'arrêt.
Adapter des procédures / protocoles / modes opératoires / consignes relatives à son domaine de compétence.
Rédaction de documents technique, relatif à son domaine d'activité.
Analyser et évaluer les performances d'un système, d'un appareil, d'un outil spécifique à son domaine d'activité technique.
Valorisation des résultats dans les congrès scientifiques et par la participation à la rédaction des articles scientifiques en anglais.
Participer aux réunions organisées par les ingénieurs bio-informaticiens du pôle de Biologie-Pathologie.
Encadrer des stagiaires en bio-informatique.
Partager les outils bioinformatiques avec le corps médical et technique.
Transférer un savoir-faire, une pratique professionnelle.
Activités techniques
Configuration, développement et validation des logiciels bioinformatiques pour l'analyse des données NGS.
Mise au point de nouvelles analyses bioinformatiques en partenariat avec les biologistes, ingénieurs et/ou techniciens référents.
Création, entretien et développement de solutions de stockage et d'entrepôts de données (sauvegarde et archivage).
Maintenance des équipements, logiciels et bases de données, spécifique à son domaine d'activité et en partenariat avec les biologistes, ingénieurs et/ou techniciens référents.
Relation avec la DSI pour la gestion des ressources de calcul et de stockage (serveur, machines virtuelles).
Aide à la conception et à la mise en place des nouveaux protocoles de séquençage par technique NGS.
Veille technologique active sur les nouvelles méthodes bioinformatiques et technologies associées.
Assurer le lien entre le laboratoire et les services du Biomédical et Informatique, spécifique à son domaine d'activité et en partenariat avec les biologistes, ingénieurs et/ou techniciens référents.
Accompagnement des techniciens de laboratoire pour la gestion des dysfonctionnements, pannes d'équipements, problèmes techniques relevant de son domaine d'activité.
Hygiène
Respecte les règles d'hygiène et de sécurité en vigueur.
Respecte les règles et le circuit d'élimination des déchets.

Profil recherché :

Aptitudes
Être capable d'évoluer en fonction des évolutions techniques et/ou organisationnelles
Savoir travailler en équipe / en réseau
Analyser et gérer les priorités
Être autonome et réactif
Savoir communiquer
Communiquer et transmettre son savoir à l'ensemble du personnel du laboratoire
Connaissances requises
Utilisation avancée des systèmes Linux
Connaissance de différents langages de programmation / script (Python/Perl/Java/Bash/R)
Conception et développement de logiciels
Conception et utilisation d'architectures système pour le stockage et l'analyse de grande quantité de données issues du séquençage haut débit
Conception et gestion de base de données
Avoir une bonne connaissance des spécificités génomiques des bactéries et leurs codes génétiques
Avoir une bonne connaissance des différentes techniques de biologie moléculaire
Faire preuve de rigueur et avoir le sens des responsabilités
Savoir gérer son activité et être force de proposition pour améliorer les performances
Maintenir ses connaissances, être capable et avoir l'envie d'acquérir de nouvelles connaissances
Maîtrise de l'anglais
Savoir faire face et s'adapter aux contraintes
Savoir se positionner et déterminer les limites de son domaine de compétences