Chercheur en Génomique et Épigénomique des Organismes Photosynthétiques H/F CNRS

Détail du poste

La personne recrutée développera des analyses expérimentales et bioinformatiques en génome fonctionelle. Il/elle mettra en application des approches de génétique moléculaire, épigénomique, microscopie confocale, ainsi que leurs analyses bioinformatiques complètes. Elle proposera et développera également des stratégies originales permettant des analyses bio-informatiques ciblées et adaptées aux questions biologiques du projet ChromatinPhotoDynamics coordonné par Fredy Barneche et financé par l'Agence Nationale de la Recherche (ANR).
Activités
Ses analyses expérimentales et bioinformatiques porteront sur la caractérisation de profils nucléaires (immunolocalisation de protéines chromatiniennes et de régions génomiques), génomiques (séquençage d'ADN génomique), épigénomiques (ChIP-seq) et transcriptomique (RNA-seq) obtenus par des approches NGS et ONT sur la plante modèle Arabidopsis thaliana. L'intégration fonctionnelle de ces jeux de données visera à mieux appréhender l'évolution des génomes et épigénomes des plantes et les mécanismes permettant leur adaptation aux changements environnementaux. La personne recrutée pratiquera également une veille de la littérature scientifique sur son sujet d'étude et sur les méthodes expérimentales et bcomputationnelles nécessaire au développement du projet. Il/elle participera de façon active à l'écriture des publications scientifiques de ses travaux et aux réunions d'équipe.
Compétences
Le/la candidat.e doit avoir :
- Un savoir-faire démontré en génétique moléculaire expérimentale et en bio-informatique
- Une maîtrise en bash et analyse statistique sur R
- Une bonne compréhension des méthodes et des contraintes de la biologie expérimentale
- Être rigoureux.se et organisé.e afin de mener plusieurs activités en parallèle
- Une capacité de souplesse face aux difficultés et de l'esprit d''initiative pour identifier des solutions techniques
- Démontrer une aptitude au travail collégial et d'esprit d'équipe pour partager ses connaissances et, réciproquement, intégrer les conseils des autres membres de l'équipe
- Tenir un suivi en ligne de l'ensemble de ses analyses et des codes utilisés pour le laboratoire d'accueil
- Être disposé à des discussions, des présentations scientifiques, et à la rédaction d'articles en anglais.

Niveau de recrutement : Doctorat

Contexte de travail

L'Institut Biologie Paris Seine (IBPS) est un centre de recherche pluridisciplinaire à vocation internationale localisé sur le campus Jussieu de Sorbonne Université, à proximité de nombreux moyens de transports (RER, métro, bus). L'équipe d'accueil comprend 11 membres, au sein du du laboratoire Dev2A (Development Adaptation Aging), une unité mixte de recherche CNRS/Inserm/Sorbonne de 230 agents. L'IBPS est doté d'une plateforme de service en bioinformatique (Inforbio) et le campus de Sorbonne Université est doté de la plateforme technologique MeSU mettant à disposition un supercalculateur et des espaces de stockage.
Les travaux de l'équipe d'accueil portent sur les mécanismes par lesquels l'environnement peut influencer l'évolution des génomes ainsi que les dynamique cellulaires de la chromatine en tant que mécanismes adaptatifs. La personne recrutée travaillera sous la supervision Fredy Barneche (Directeur de Recherche CNRS) pour le design et l'interprétation des analyses. Il/elle interagira également Clara Bourbousse (Chargé de Recherche CNRS), co-responsable d'équipe, et tous les autres membres d'équipe pour les aspects expérimentaux, en particulier un ingénieur bio-informaticien. Il/elle participera et présentera ses résultats en anglais aux réunions de laboratoire.
Contraintes et risques

Pas de risque identifié