Postdoctorat en Métabolomique Experimentale et Computationelle H/F CNRS

Détail du poste

Le projet ANR POPS (ANR-24-CE44-1190) vise à élucider les mécanismes fondamentaux reliant le métabolisme des polyamines à la virulence bactérienne, en s'appuyant sur des approches expérimentales et computationnelles multi-omiques.

Dans ce cadre, l'HolobiomicsLab, dirigé par le Dr Louis-Félix Nothias à l'Institut de Chimie de Nice (ICN), développera des méthodes avancées de métabolomique afin de comprendre comment les polyamines influencent la physiologie de Staphylococcus aureus. Ce travail sera mené en étroite collaboration avec les autres partenaires du projet.

Le chercheur postdoctoral (H/F) recruté travaillera sur le développement et l'application de nouvelles méthodes analytiques en spectrométrie de masse métabolomique, avec pour objectif d'améliorer l'annotation des métabolites et l'exploitation des données multi-omiques.

Cela impliquera la mise en place et l'optimisation de protocoles analytiques avancés, combinant spectrométrie de masse haute résolution multi-niveaux et chromatographie liquide, afin d'améliorer la détection et l'annotation des métabolites issus de cultures de micro-organismes.

L'accent sera mis sur l'évaluation de stratégies analytiques innovantes, incluant :

- Préparation semi-automatisée des échantillons pour améliorer la reproductibilité et la sensibilité des analyses.
- Développement de méthodes chromatographiques en ligne de pré-enrichissement, afin d'augmenter la détection de certaines classes de métabolites.
- Optimisation des séparations chromatographiques
Ces méthodes permettront d'élargir la couverture métabolomique et d'améliorer la caractérisation des composés d'intérêt.

Le postdoctorant (H/F) sera également en charge du traitement, de l'annotation et de l'interprétation des données métabolomiques, ainsi que de leur intégration avec les analyses protéomiques et transcriptomiques, afin de caractériser la réponse de Staphylococcus aureus aux polyamines.

Ce travail s'effectuera en synergie avec le projet franco-suisse MetaboLinkAI, qui développe une intelligence artificielle dédiée à l'analyse des données métabolomiques.

Ce poste offre un environnement de recherche de haut niveau, avec un accès à des infrastructures de pointe, et une interaction directe avec des chercheurs en spectrométrie de masse, chimie analytique, microbiologie et intelligence artificielle.
Activités
1. Développement méthodologique en métabolomique analytique
- Concevoir et mettre en place des protocoles semi-automatisés d'extraction et de pré-traitement des échantillons issus de cultures de micro-organismes afin d'améliorer la reproductibilité et la sensibilité analytique.
- Développer et optimiser des protocoles chromatographiques avancés pour une meilleure séparation et couverture métabolomique, en intégrant :
- Chromatographie d'exclusion stérique (SEC)
- Chromatographie mixte de polarité (MMPC)
- Chromatographie en phase inverse (RP-LC)
- Développer des méthodes de pré-enrichissement chromatographique en ligne (solid-phase extraction) afin d'augmenter la détection et la quantification des métabolites microbiens.
- Réaliser les acquisitions avancées de spectrométrie de masse haute résolution multi-niveaux (MS/MS et MSn) sur les échantillons de l'étude.

2. Déploiement et validation expérimentale
- Appliquer et valider les méthodologies développées sur des échantillons microbiens, en lien avec les objectifs du projet ANR POPS.
- Optimiser l'acquisition des données sur spectromètres de masse haute résolution et multi-niveaux pour améliorer la détection, l'annotation et la quantification des métabolites.

3. Analyse de données et intégration multi-omique
- Traiter et annoter les données de spectrométrie de masse en exploitant des outils computationnels adaptés.
- Intégrer les résultats métabolomiques avec les données protéomiques et transcriptomiques afin d'analyser les interactions métaboliques de Staphylococcus aureus et sa réponse aux polyamines.

4. Valorisation scientifique et collaborations
- Publier les résultats obtenus dans des revues scientifiques à comité de lecture et présenter les avancées lors de conférences internationales.
- Collaborer avec les partenaires du projet ANR POPS ainsi qu'avec les autres initiatives du laboratoire, notamment MetaboLinkAI et d'autres projets à l'intersection de la métabolomique expérimentale, computationnelle et de l'intelligence artificielle.
- Assurer l'adhésion aux principes F.A.I.R., en mettant en libre accès les méthodologies développées et en standardisant les workflows analytiques.
- Participer à l'encadrement et à la formation d'étudiants et jeunes chercheurs sur les techniques analytiques en métabolomique.
Compétences
Compétences techniques
- Doctorat en chimie analytique, métabolomique, protéomique ou en sciences analytiques appliquées à la biologie.
- Expertise en développement et optimisation de méthodes chromatographiques (SEC, MMPC, RP-LC).
- Expertise en spectrométrie de masse haute résolution appliquée à l'analyse des métabolites microbiens.
- Expérience souhaitée en optimisation de protocoles analytiques et/ou automatisation des méthodes d'extraction.
- Capacité à intégrer les données métabolomiques avec les analyses protéomiques et transcriptomiques pour une approche multi-omique.
- Une maîtrise de Python ou R pour le traitement et l'analyse de données est un atout.

Compétences transversales
- Capacité à travailler en équipe interdisciplinaire (chimistes analytiques, bioinformaticiens, microbiologistes).
- Excellentes compétences en rédaction scientifique et communication (publications, conférences).
- Autonomie et force de proposition dans le développement et l'optimisation des méthodes analytiques.
- Bonne maîtrise de l'anglais scientifique (écrit et oral).
Contexte de travail




L'Institut de Chimie de Nice (ICN), situé sur le campus du Parc Valrose, offre un environnement de recherche dynamique et interdisciplinaire, avec un accès à des infrastructures de pointe en spectrométrie de masse, notamment un Orbitrap IQ-X dédié aux analyses métabolomiques avancées.

Le/la postdoctorant(e) rejoindra l'HolobiomicsLab, dirigé par le Dr L.-F. Nothias, et travaillera dans le cadre du projet ANR POPS, en forte interaction avec les autres initiatives du laboratoire, notamment MetaboLinkAI et d'autres projets intégrant la métabolomique expérimentale, computationnelle et l'intelligence artificielle.

Le projet ANR POPS constitue une opportunité unique pour le/la postdoctorant(e) d'évoluer au sein d'un consortium scientifique pluridisciplinaire, réunissant des spécialistes en chimie analytique, microbiologie, biologie des infections et bioinformatique. L'intégration dans ce réseau de recherche permettra d'échanger avec des experts en analyse multi-omique et de contribuer au développement de nouvelles approches analytiques appliquées à la compréhension des interactions bactériennes et de la virulence.

En parallèle, l'HolobiomicsLab offrira un cadre stimulant, combinant développements méthodologiques expérimentaux en chromatographie/spectrométrie de masse et approches computationnelles avancées. Le poste représentera ainsi une opportunité de montée en compétences en bioinformatique et intelligence artificielle appliquées à la métabolomique, notamment par l'analyse et l'intégration de grands ensembles de données multi-omiques. Le/la postdoctorant(e) aura également la possibilité de se former à l'utilisation d'outils d'apprentissage machine et de modélisation avancée pour optimiser l'interprétation des résultats et accélérer les découvertes scientifiques.
Contraintes et risques
- Travail sur des protocoles analytiques complexes : Le/la postdoctorant (H/F) développera et optimisera des méthodes avancées en spectrométrie de masse et chromatographie, nécessitant une grande rigueur expérimentale, une gestion précise des paramètres analytiques et une capacité à résoudre rapidement des problèmes techniques.
- Travail sur des protocoles analytiques complexes : Le/la postdoctorant (H/F) développera et optimisera des méthodes avancées en spectrométrie de masse et chromatographie, nécessitant une grande rigueur expérimentale, une gestion précise des paramètres analytiques et une capacité à résoudre rapidement des problèmes techniques.
- Exposition aux risques chimiques : L'utilisation de solvants organiques (méthanol, acétonitrile, acide formique, etc.) et de réactifs chimiques pour la préparation des échantillons et les analyses chromatographiques impose une manipulation conforme aux normes de sécurité en laboratoire. L'application stricte des protocoles de gestion des produits chimiques et le port des équipements de protection individuelle (EPI) seront obligatoires.
- Manipulation d'échantillons microbiens : Les analyses porteront sur des cultures de Staphylococcus aureus et d'autres micro-organismes, nécessitant le respect strict des règles de biosécurité et des manipulations en conditions contrôlées pour éviter les contaminations croisées et minimiser les risques d'exposition.
- Respect des échéances et gestion de projet : Le projet ANR POPS étant structuré en plusieurs work packages avec des livrables précis, le/la postdoctorant(e) devra gérer efficacement son temps, assurer un suivi rigoureux des résultats et travailler en coordination avec les autres partenaires du projet.
- Possibilité de déplacements : Des déplacements ponctuels en France et en Europe seront à prévoir pour des réunions de projet, des collaborations et des conférences scientifiques.