Ingénieur·e en Bio-Informatique Spécialité Génomique H/F Inrae
Clermont-Ferrand - 63 CDI- 2 244,79 € / mois
- Bac +5
- Service public autres
Détail du poste
Vous serez plus particulièrement en charge de l'analyse de séquences issues d'ADN ancien de plantes (Pont et al. 2019 doi : 10.1186/s13059-019-1627-1) et la comparaison avec les bases de données caractérisant les accessions modernes de blé (polymorphisme SNP), notamment des analyses phylogénétiques, descriptives (Blast, ACP). Vous participerez au développement méthodologique et à l'optimisation des process. Vous devrez assurer le suivi qualité et la traçabilité des analyses et rendre compte de la continuité du travail.
Le profil recherché
Formation recommandée : ingénieur ou Master dans le domaine de la bio-informatique, modélisation de données, (épi)génétique, intégration des données (génétique, épigénétique, transcriptomique, petit ARNs).
Connaissances souhaitées :
- Maîtrise de langages de programmation (Bash, Python, R, C, C++, Gitlab, Conda, cluster de calcul type HPC...) ainsi que des outils d'interfaçage appliqués aux systèmes d'exploitation en génomique (Galaxy).
- Exploitation des données NGS (génétique, épigénétique, transcriptomique, petits ARN, etc.) allant du contrôle qualité des séquences à l'analyse plus fine des polymorphismes.
- Exploration de séquences (comparaison/mapping de séquences (Blast/BWA/bowtie)).
- Utilisation de banque de données génomiques.
- Alignement de séquences et phylogénie/phylogénomique, analyse de structure (Megan, Structure), génétique des populations.
- Biostatistique (machine learning, glm, modèles multivariés...) pour une interprétation éclairée des résultats.
- Maîtrise destechniques d'analyse de metabarcoding, métagénomique et statistiquesassociées.
- Une expérience en génomique comparative et génomique évolutive serait appréciée.
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Aptitudes recherchées : rigueur, autonomie, motivation, communication en anglais.
Infos complémentaires
A partir de 2 244,79€ brut
- Clermont-Ferrand - 63
- CDI
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