Thèse Façonner la Trajectoire Développementale d'Espèces d'Intérêt Aquacole Améliorer leur Robustesse et Caractériser les Mécanismes Sous-Jacents H/F Ifremer
Polynésie française - 987 CDD- 2 300 € / mois
- 🏠 Télétravail partiel
- 🕑 3 ans
- Bac +5
- Secteur Energie • Environnement
- Exp. - 1 an
Les missions du poste
Date de clôture de réception de candidatures : 15/05/2025
Qui sommes-nous ?
Ce projet est proposé par l'unité « Ressources Marines en Polynésie française », laquelle fait partie intégrante de l'UMR SECOPOL (« Santé et Services des Ecosystèmes Polynésiens »). Cette unité mène des recherches dédiées aux développements en aquaculture et à l'adaptation des espèces d'intérêt économique aux changements globaux. Dans ce cadre, nous disposons d'infrastructures expérimentales qui permettent des études intégrées du terrain au laboratoire et des populations jusqu'aux aspects mécanistiques les plus fins. Dans le cadre de partenariats internationaux avec la Nouvelle-Zélande (Cawthron institute), nous développons de nouveaux protocoles aquacoles visant à améliorer la robustesse des espèces vis-à-vis du changement climatique et des maladies. Ces développements se font sur des espèces de bivalves tempérées et tropicales. L'idée est de développer des traitements stressants non létaux au niveau larvaire qui infléchissent la trajectoire développementale de nos espèces d'intérêt pour améliorer leur robustesse lors d'expositions ultérieures aux mêmes stress.
Quel est le sujet de la thèse ?
Dans le cadre de cette thèse, vous serez donc amené à développer des protocoles d'infléchissement de la trajectoire développementale sur des familles biparentales de deux espèces de bivalves tropicaux (l'huître de roche, Saccostrea echinata et l'huître perlière, Pinctada margaritifera) et deux espèces de bivalves tempérés (la moule verte, Perna canaliculus et l'huître creuse, Magallana gigas). En travaillant sur des espèces aux régimes thermiques très différents, nous augmenterons le potentiel d'application de ces méthodes dans une perspective plus large au niveau mondial. Vous utiliserez différents traitements au niveau larvaire avec des expositions à des stress abiotiques (températures sub-létales) et des stress biotiques (flore microbienne non pathogène) et vous testerez aux stades de vis ultérieurs les tolérances aux mêmes stress ou à des stress différents (exemple : larves stressées par la température résistent-elles mieux à une maladie ?). Des résultats déjà publiés sur certaines espèces de bivalves par nos groupes (Fallet M et al, microbiome, 2022) ou des résultats préliminaires obtenus par notre consortium sur l'huître perlière (amélioration de la robustesse par shaping larvaire thermique) sont des gages de réussite de ce projet.
Un deuxième volet de ce projet sera consacré à la compréhension des mécanismes moléculaires sous-jacents à l'acquisition de la robustesse. Pour ceci, une combinaison d'approches expérimentales et omiques seront développées. Les sous-groupes ayant subi présentant les robustesses différentielles aux maladies ou aux stress thermiques ainsi que leurs contrôles, seront soumis à des stress thermiques sublétaux ou à des expositions à des pathogènes et ils seront échantillonnés régulièrement après l'exposition (0, 6h, 12h 24h, 48h post-exposition). Ces échantillons seront ensuite soumis à des approches moléculaires comparatives pour caractériser les mécanismes de l'acquisition de robustesse.
Pour caractériser ces mécanismes, nous développerons des approches RNA-seq approach (de Lorgeril et al, nature communications, 2018). Nous caractériserons également la fréquence allélique au niveau du génome des différentes familles et conditions (larves stressées vs témoins) afin d'évaluer l'absence de sélection lors du stress larvaire (Fallet et al., microbiome, 2022). L'épigénotype des différentes familles et conditions sera caractérisé afin d'identifier les modifications épigénétiques sous-jacentes aux changements phénotypiques observés. Génotypes et Epigénotypes seront caractérisés par séquençage du génome entier par Enzyme-Methyl-Whole-Genome-Sequencing (Valdivieso et al., STOTEN, 2025), et l'(épi)génotype sera extrait par des approches maitrisées par notre consortium (Gawra et al. Science Advances, 2023). De plus, nous développerons une approche métabolomique comparative ciblée afin d'évaluer les compromis potentiels entre croissance et robustesse (Duperret et al., soumis) et une approche omique intégrative sera développée pour intégrer les données (Duperret et al., soumis).
Quelle sera votre mission ?
Vous développerez l'ensemble de ces travaux en collaboration entre trois laboratoires (l'UMR SECOPOL en Polynésie française, l'UMR IHPE à Montpellier et le Cawthron institute de Nelson en Nouvelle-Zélande). Les travaux sur l'huître creuse du Pacifique et la moule verte seront réalisés dans les installations de l'Institut Cawthron et ceux sur l'huître perlière et l'huître de roche seront réalisés dans les installations de l'Ifremer à Vairao (Tahiti). Les analyses omiques seront réalisées au laboratoire IHPE de Montpellier. Durant la thèse, vous passerez 18 mois en Polynésie française, 12 mois en métropole (Montpellier) et 6 mois en Nouvelle-Zélande.
Quelles seront vos activités ?
Vous développerez les approches expérimentales de stress au niveau larvaire et la vérification des robustesses acquises aux stades de vie ultérieurs.
Vous développerez et participerez aux approches omiques comparatives et à la caractérisation des mécanismes moléculaires sous-jacents. Vous manipulerez les différents jeux de données omiques ((épi)génomiques, transcriptomiques et métabolomique), vous les analyserez, appliquerez des approches statistiques adaptées et vous intégrerez les différentes couches omiques (omique intégrative).
Mots clés
Aquaculture ; changement climatique ; limites de tolérance thermiques ; solutions pour l'adaptation ; analyses omiques intégrative.
Le profil recherché
Qui êtes-vous ?
- Master 2 en Biologie moléculaire, génomique ou physiologie
Vous avez les compétences, connaissances et expériences suivantes :
- Expérimentation animale
- Analyses NGS (transcriptomique et/ou génomique e/ou épigénomique) sur des espèces non modèles
- Analyses métabolomiques
- Programmation Bash, R, Python
Vous avez les qualités suivantes :
- Sens de l'organisation, rigueur, esprit d'initiative, dynamisme.
- Aptitude à communiquer et travailler en équipe
- Maîtrise des outils informatiques et statistique
- Permis B souhaité.
Bienvenue chez Ifremer
Rejoignez l'Ifremer pour un océan mieux compris, mieux protégé qui demeure un allié du bien-vivre sur la planète
Des abysses à la surface, de la côte au large, l'Ifremer est l'institut de recherche français entièrement dédié à l'Océan. Ses équipes mènent des recherches, innovent et produisent des expertises pour protéger l'océan, exploiter ses ressources de manière responsable et partager les données marines.
L'Ifremer apporte son expertise scientifique pour éclairer les politiques publiques et élabore des solutions puisées dans l'océan pour répondre aux enjeux de la transition écologique. Opérateur de la Flotte océanographique française avec sa filiale d'armement Genavir, l'Ifremer imagine, conçoit et déploie des moyens technologiques de pointe pour percer les mystères de l'océan.
Rejoignez nos équipes, composées de 1500 scientifiques et métiers supports à la recherche, et présentes sur tout le littoral métropolitain et en Outre-mer.
www.ifremer.fr
Infos complémentaires
Comment se déroulera votre activité ?
- Temps complet : 100%
- Mobilité entre la Polynésie française, la métropole et la Nouvelle-Zélande
Comment postuler ?
Le dossier de candidature doit comprendre :
- Un CV
- Une lettre de motivation
- Une lettre de référence
- Un relevé de notes (Licence + Master 1 et premier semestre Master 2)
L'ensemble des documents doit être déposé sur ce site sous la forme de 2 documents.PDF. Chaque document pouvant aller jusqu'à 2 Mo.
La date limite pour la remise des candidatures est le 15 mai 2025. Néanmoins, nous vous engageons fortement à faire part dès que possible de votre intention de postuler, en prenant contact avec le responsable de sujet : Guillaume Mitta
Les contrats des doctorants démarreront à compter du 6 octobre 2025, sous réserve de la production par le doctorant des documents administratifs autorisant son recrutement par l'Ifremer (attestation de réussite au Master 2 ou diplôme d'ingénieur + visa pour les doctorants étrangers hors U.E.).
Quelles sont les prochaines étapes ?
- Prise de contact : Guillaume Mitta
- Date de clôture des candidature 15 mai
- Audition : fin mai
- Décision : début juin
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