Chercheur CDD en Écologie Microbienne et Virale dans les Élevages d'Insectes H/F CNRS

Détail du poste

Institut de Recherche sur la Biologie de l'Insecte (IRBI) UMR 7261 CNRS - Université de Tours
Présentation du poste : La personne exercera son activité au CNRS, à l'IRBI, dans le cadre du projet à ANR FLYPATH dont le but est d'étudier les pathogènes d'insectes et risques épidémiques dans les fermes de mouches soldat noires (BSF). Les objectifs spécifiques sont d'identifier les agents pathogènes viraux et bactériens, potentiels et leurs voies de contamination dans les élevages de BSF via des analyses métagénomiques et test diagnostics. Les résultats éclaireront les questions fondamentales relatives à la dynamique et à l'écologie des agents pathogènes, selon leur degré de spécificité et mode de transmission.

Présentation de l'équipe : La/le chercheur.se intégrera l'équipe IMIP : Interactions Microorganismes Insectes Plantes de l'IRBI, travaillera en collaboration avec les participants académiques et industriels du projet FLYPATH et participera à l'encadrement des étudiants.

Activités
La personne recrutée sur ce poste aura comme tâche de coordonner la collecte d'échantillons en provenance d'élevages industriels, préparer les librairies de séquençage NGS, et analyser les données bio-informatiques. Il est attendu de cette personne qu'elle aide à la supervision des étudiants du projets FLYPATH, y compris en bio-informatique, et qu'elle soit moteur dans la production d'articles scientifiques et la diffusion des résultats. Elle participera aussi activement à la vie de l'équipe IMIP aussi bien sur le plan scientifique qu'organisationnel.
Compétences
- Biologie moléculaire (NGS, RT-qPCR)
- Bioinformatique (analyse de données de métabarcoding, transcriptomes, découverte de virus)
- Entomologie ou Virologie ou Microbiologie
- Permis B
- Anglais niveau C1

Contexte de travail

L'Institut de Recherche sur la Biologie de l'Insecte (IRBI) se consacre à l'analyse des interactions entre les insectes et leur environnement biotique et abiotique est doté d'une force vive et dynamique de 27 chercheurs/enseignants-chercheurs permanents. L'institut s'appuie également sur les compétences de nombreux post doctorants et chercheurs contractuels ainsi que 18 doctorants pour un effectif global de 75 personnes. L'IRBI organise de façon régulière des séminaires scientifiques sur de thèmes variés liés aux insectes.
Contraintes et risques

Des déplacements sur les sites de production de mouches soldat noires seront organisés de manière ponctuelle, dans le Maine et Loire, la Somme et les Ardennes.